Program Studi Magister Bimbingan dan Konseling Universitas Negeri Yogyakarta hadir sebagai respon terhadap meningkatnya kebutuhan akan layanan bimbingan dan konseling di era modern. Perubahan sosial dan teknologi yang cepat, serta meningkatnya kesadaran akan pentingnya kesehatan mental, menuntut tersedianya tenaga profesional yang kompeten di bidang ini.

Program ini diusulkan oleh Rektor UNY kepada Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi pada tanggal 26 April 2005, dan memperoleh izin penyelenggaraan melalui Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 075/P/2014 tertanggal 5 Maret 2014. Berdasarkan keputusan tersebut, UNY mulai menyelenggarakan Program Studi Magister Bimbingan dan Konseling pada tahun 2014 di bawah naungan Program Pascasarjana (PPs) UNY.

Seiring dengan penguatan kelembagaan dan pengembangan akademik, sejak tahun 2019 pengelolaan program studi ini resmi berpindah ke Fakultas Ilmu Pendidikan (FIP) UNY. Perpindahan ini menandai langkah strategis untuk memperkuat integrasi keilmuan dan profesionalisme dalam bidang pendidikan dan konseling di lingkungan fakultas.

Sebagai bagian dari komitmen UNY dalam mencetak tenaga ahli dan pendidik profesional, Program Studi Magister Bimbingan dan Konseling terus berupaya menghasilkan lulusan yang memiliki kompetensi unggul, berintegritas, dan mampu memberikan kontribusi nyata dalam peningkatan kualitas layanan bimbingan dan konseling di Indonesia.